認識到液相色譜-質譜/質譜是一項戰略技術，許多臨床實驗室現在正在使用它來代替其他方法。傳統上，免疫測定主要用于測量低分子量化合物。然而，它們受到一些限制，包括特異性問題、不同制造商的測試之間缺乏一致性，以及由于抗體的交叉反應性不同，同一制造商的批次之間存在差異。此外，異嗜抗體和鉤效應可能會限制許多免疫測定的動態測量范圍。


　　另一方面，質譜/質譜對許多分析物具有優異的選擇性，因為它通過至少兩個物理特征來識別它們，——它們的母離子和產物離子質量。隨著軟電離技術(如電噴霧電離和大氣壓化學電離)的引入，低分子量分子可以在液相中電離，從而實現高性能液相色譜和質譜/質譜的耦合.當質譜與液相色譜結合使用時，保留時間增加了另一個屬性，以正確識別分析物，從而提高特異性。


　　檢驗科也經歷過廠家意外將免疫檢測退出市場的情況，這讓實驗室瘋狂尋找替代方法將檢測結果返還給訂購醫生。這些經驗為實驗室改用液相色譜-串聯質譜法提供了另一個理由


　　質譜/質譜還顯示出靈活性和多功能性，使實驗室能夠在美國食品和藥物管理局批準的用于測量生物標志物或新批準藥物的試劑盒或免疫測定進入市場之前，提供新的實驗室開發的測試(LDT)。此外，與免疫分析和其他方法相比，液相色譜-質譜/質譜的靈敏度可能會使某些分析物(如類固醇)的檢出限較低。


　　液相色譜-質譜/質譜的另一個優點是，它使臨床實驗室能夠同時對各種感興趣的分析物進行多重分析、鑒定和定量。多路復用降低了每次測試的成本。與固相萃取或衍生化等更耗時、更昂貴的樣品制備方法相比，液相色譜-質譜/質譜通過簡化或最大限度地減少某些應用(如稀釋和注射或蛋白質碰撞)的樣品制備，提供了其他成本節約和更高的通量。在其他方法中，如氣相色譜(GC)，極性化合物的衍生化或化學修飾是必要的，因為這些化合物必須具有足夠的揮發性才能進行分析。然而，衍生化過程增加了樣品制備的時間、人力和成本。


　　液相色譜-質譜/質譜挑戰雖然液相色譜-質譜/質譜有很多優點，但也有一些缺點。作為一個高度復雜的系統，液相色譜-質譜/質譜需要高水平的技術專長來開發和驗證LDT和故障排除儀器。此外，美國食品和藥物管理局最近發布的LDT法規指導文件草案可能會影響大多數在液相色譜-質譜/質譜上開發和執行的測試.目前，實驗室根據CLIA標準開發和驗證液相色譜-質譜/質譜分析，該標準為臨床實驗室的實驗室檢測和認證程序建立了質量標準。與美國食品和藥物管理局批準的測試不同，LDT有額外的分析驗證要求，包括評估不精確性、準確性、線性、回收率、靈敏度、特異性、殘留、離子抑制、可接受的樣品類型/收集管/抗凝血劑、儲存/運輸條件，以及建立參考范圍。確定合適的樣品制備、色譜柱選擇、流動相和內標選擇只是常規方法開發中面臨的眾多挑戰中的一小部分。