在藥物開發過程中，液相色譜和質譜(LC-MS)是表征生物制藥的有力且常用的技術。常規分析使用液相色譜加紫外-可見/光電二極管陣列(PDA)、熒光和光散射檢測器。已經開發了多種液相色譜方法來評估這些分子的關鍵質量屬性，例如生物治療分子的純度和化學修飾、聚集和電荷變化，并在復雜的基質中對它們進行定量，以確保沒有雜質。下面列出了這些方法的一些例子：


　　肽圖分析是一種成熟的技術，用于鑒定蛋白質、監測其結構完整性和確定一級結構中的任何氨基酸修飾。它包括用胰蛋白酶和其他酶消化蛋白質，然后分離和鑒定其片段。建立了反相色譜或反相高效液相色譜紫外檢測快速肽圖分析方法，用于評估單克隆抗體的位點特異性氧化。


　　尺寸排阻色譜(SEC)用于根據分子的尺寸或分子量分離溶液中的分子。具有紫外或光散射檢測的SEC是第一個研究蛋白質和抗體在制造或后續加工過程中聚集或分子分解的技術。建立了用于病毒疫苗和病毒樣顆粒質量控制的高效液相色譜方法(VLP)。


　　帶有紫外檢測器的離子交換色譜可用于檢測電荷變體的存在。IEC還幫助科學家了解蛋白質之間的自然相互作用。

　　疏水性相互作用色譜(HIC)通過利用疏水性分離生物分子來純化生物分子。該技術已被用于從其他亞型中分離醫學級超螺旋質粒。HIC結合反相高效液相色譜法已被用于分析抗體-藥物偶聯物。

　　液相色譜技術，如RPLC、HIC、SEC和多維分離，已被用于確定藥物與抗體的比例，評估藥物負荷分布和分析抗體-藥物綴合物中與過程相關的雜質。

　　液相色譜分離后，通過熒光或質譜分析表征與單克隆抗體連接的聚糖或糖。

　　液相色譜-質譜通常用于分析生物制劑中的翻譯后修飾，如甲硫氨酸氧化或脫酰胺作用。在最近的一項研究中，非靶向液相色譜高分辨率質譜被用于通過差異分析檢測單克隆抗體的整個轉化。

　　親和色譜基于生物分子和它們的配體之間的特定相互作用，用于分離和確定滴度(濃度)。

　　高效液相色譜法已被證明適用于生物仿制藥的常規合規性檢測。


　　除了1D液相色譜和2D液相色譜，多維液相色譜(mD-LC)將在線樣品制備與使用相同液相色譜系統的多級分析相結合，正被開發用于生物制藥分析。除了生物治療藥物的定性和定量，液相色譜還用于分析賦形劑、14種雜質，如從預填充注射器收集的治療蛋白制劑中浸出的硅油15，以及生物治療制劑的純化。