液相色譜儀主要由貯液瓶、泵、進樣器、柱子、柱溫箱、檢測器、數據處理系統組成。對于整個系統而言，柱子、泵和檢測器是核心。

高效液相色譜儀作為一種高精密儀器，如果在使用過程中不按照正確操作的話，就容易導致一些問題。其中最常見的就是柱壓問題、漂移問題、峰型異常問題。
　   1.柱壓問題：柱壓問題是使用高效液相色譜儀過程中需要密切注意的地方，柱壓的穩定與色譜圖峰形的好壞、柱效、分離效果及保留時間等密切相關。所謂柱壓穩定并不是指壓力值穩定于一個恒定值而是指壓力波動范圍在50PSI(3.3Bar)之間(在使用梯度洗脫時，柱壓平穩緩慢的變化是允許的)。壓力過高、過低都屬于柱壓問題。
       2.壓力過高：這是高效液相色譜儀在使用中最常見的問題，指的是壓力突然升高，一般都是由于流路中有堵塞的原因。此時，我們應該分段進行檢查。
　   (1).首先斷開真空泵的入口處，此時PEEK管里充滿液體，使PEEK管低于溶劑瓶，看液體是否自由滴下，如果液體不滴或緩慢滴下，則是溶劑過濾頭堵塞。處理方法：用30%的硝酸浸泡半個小時，在用超純水沖洗干凈。如果液體自由滴下，溶劑過濾頭正常，在檢查;
　   (2).打開Purge閥，使流動相不經過柱子，如果壓力沒有明顯下降，則是過濾白頭堵塞。處理方法：將過濾白頭取出，用10%的異丙醇超聲半個小時。如果壓力降至100PSI(6.7Bar)以下，過濾白頭正常，在檢查;
       (3).把色譜柱出口端取下，如果壓力不下降，則是柱子堵塞。處理方法：如果是緩沖鹽堵塞，則用95%的水沖至壓力正常。如果是一些強保留的物質導致堵塞，則要用比現在流動相更強的流動相沖至壓力正常。假如按上面的方法長時間沖洗壓力都不下降，則可考慮將柱子的進出口反過來接在儀器上，用流動相沖洗柱子。這時，如果柱壓仍不下降，只有換柱子入口篩板，但一旦操作不甚，很容易造成柱效下降，所以盡量少用。
　　3.壓力過低：壓力過低的現象一般是由于系統泄漏，處理方法：尋找各個接口處，特別是色譜柱兩端的接口，把泄漏的地方旋緊即可。當然還有一個原因就是泵里進了空氣，但此時表現的往往是壓力不穩，忽高忽低，更嚴重一點會導致泵無法吸上液體。處理方法：打開Purge閥，用3~5ml/min的流速沖洗，如果不行，則要用專用針筒在排空閥處借住外力將氣泡吸出。