對離子色譜儀的維護，其實質就是對構成離子色譜儀幾個主要組成部分的維護，主要有以下幾部分。
1、濾頭
流動相的起始部位，是長期處于濕潤狀態的，雖然一直放在超純水中，但水是很容易變質的，所以需要經常換水，防止會生出藻類或菌類使濾頭堵塞，從而造成系統壓力的升高，或者會使其吸入到泵頭內部污染單向閥，造成壓力不穩以及流速不定。
2、恒流泵
泵頭內較為重要的幾個部件就是單向閥，寶石桿和高壓密封圈，而一般出現問題很多時候也是這幾個地方，所以每天在做完實驗后對泵頭進行清洗以及后沖洗是非常重要的。因為使用堿性試劑很容易結晶，容易劃傷這些地方，因此需要保證充分完整的清洗。即使長期不使用儀器了，也是需要定期清洗一下的。
3、進樣閥
進樣閥如果被污染不僅容易造成堵塞，而且可能會出現一些莫名其妙的問題，所以每次實驗完也是要對進樣閥進行清洗工作，避免殘留和污染，在清洗完后想辦法蓋上進樣口，以防止灰塵污染。
4、色譜柱
色譜柱要盡量不要用水去沖洗，因為它在酸性或堿性情況下會更接近于使用環境，也會更容易抑制細菌生長。如果用純水保存會很容易變質，另外色譜柱難承受有機物以及重金屬的干擾，盡量避免進樣品中此兩種物質的進入。所以把色譜柱放在淋洗液的環境中密封保存就可以了。此外，如果長時間不使用色譜柱，也需要定期用淋洗液進行清洗，防止內部干燥及細菌生長。
5、抑制器
抑制器重要的是內部要保持濕潤，所以如果我們長時間不使用一定要定期沖洗它，沖洗后把幾個與大氣相通的端口封閉保存。而且抑制器如果沒有液體經過，不能直接打開電流，否則會使內部的交換膜被電解干裂，使其損壞。
6、電導檢測器

電導檢測器如果一段時間沒使用儀器，可能會使電導值居高不下。這是因為抑制器內或電導池內的水變質了引起的，多沖洗下就可以降下來了，所以為避免這種情況，還是定期沖洗維護好。