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顯微鏡是精密光學儀器，使用時要保持高質量的狀態，因此，平時需對顯微鏡儀器進行維護與保養，并使用時遵從正確的操作規程，以下便是顯微鏡在實驗使用過程中的注意事項。
1、顯微鏡不要被物理損壞、被有毒物品侵蝕、輻射或其他危險觸及，因為沒有做這樣的設計。
2、樣品的重量不要超過5KG。
3、為了避免灼傷眼睛，一定要將濾色片插上，如果光亮過暗，也可以將濾色片拿掉。
4、在不適合的場合或進行不正確的操作，氣體放電燈泡會爆炸，隨機濺出玻璃削，可能會造成傷害。因此必須注意安全，遵循氣體放電燈泡制造商的使用說明。氣體放電燈泡會發出強烈的紫外線輻射能夠灼傷眼睛和皮膚。
5、不要直接看燈光，也不要讓皮膚直接暴露在燈光下，使用顯微鏡時，一定要使用儀器的保護措施——專用衰減濾色片。
6、檢測線型電壓是否和儀器表明的相一致。
7、電源插頭必須有接地線，并且接地線須良好，否則會出現危險。
8、如果供給電壓過大，有可能損壞儀器，導致暴光過亮，這時應立即關閉電源，更換元氣件或進行維修。
9、當重新安裝保險絲的時候，要看清楚它的型號和說明，不要使其短路。
