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對于高效液相色譜儀器的使用，如果不加以注意，錯誤使用使用的話，對其使用周期來說，是會縮減的，所以，為了延長高效液相色譜柱的使用期，就需要采取相應的保護措施。
工程師表示，由于色譜柱在儲存或運輸過程中，固定相可能會干掉，這會引起鍵合相的空間結構發生變化。因此，新的色譜柱在用來分析樣品之前，一定要充分平衡色譜柱。
反相色譜柱的平衡方法：
以純乙腈或甲醇作流動相，首先用低流速0.2ml/min將色譜柱平衡，然后，將流速增加到0.8mL/min沖洗30min以便將色譜柱的填料充分平衡至最佳狀態。平衡過程中，將流速緩慢地提高直到獲得穩定的基線，這樣可以保證色譜柱的使用壽命，并且保證在以后的使用中，獲得分析結果的重現性，同時，請一定確保所使用的流動相和乙腈-水互溶。
正相色譜柱，硅膠柱或極性色譜柱需要更長的時間來平衡。這些色譜柱在出廠測試后，都是保存在正庚烷中的，若極性色譜柱需要使用含水的流動相，要在使用流動相之前，用乙醇或異丙醇平衡。當使用乙醇、異丙醇、乙酸等粘度大的流動相時，色譜柱的平衡時間需延長。
