氣相色譜載氣起重要作用，氣相色譜載氣必須干燥，不含氧氣，并且必須采用氣相色譜中化學惰性的流動相。最常用的氦氣是因為它比氫更安全，但在效率上可與氫媲美，流速范圍更大，并且與許多檢測器兼容。根據所需的性能和所使用的檢測器，還可以使用氮氣，氬氣和氫氣。在大多數傳統檢測器（例如火焰離子化），熱導率和電子捕獲上常用的氫和氦氣由于流速較高而縮短了分析時間并降低了樣品的洗脫溫度和低分子量。例如，氫或氦作為載氣對TCD的靈敏度最高，這是因為有機蒸氣與氫/氦之間的熱導率差大于其他載氣。其他檢測器使用氮或氬，因為它們的分子量較高，因此比氫或氦具有更好的優勢，從而提高了真空泵的效率。


      氣相色譜所有載氣都可在壓力罐中使用，壓力調節器，壓力表和流量計用于精確控制氣體的流量。所使用的大多數氣體供應的純度應在99.995％-99.9995％之間，并且儲罐中的氧氣和總碳氫化合物含量較低（<0.5 ppm）。載氣系統包含分子篩以除去水和其他雜質。疏水閥是使系統保持純凈，最佳靈敏度的最佳選擇，并且可以去除水和其他污染物的痕跡。需要使用兩級壓力調節器，以最小化壓力波動并監測氣體的流量。為了監測氣體的流速，還需要在罐和色譜儀的氣體入口上都配備流量或壓力調節器。這適用于不同的氣體類型將使用不同類型的調節器。將載氣預熱并用分子篩過濾，以除去雜質和水，然后將其引入汽化室。氣相色譜系統中通常需要載氣，以使其流過進樣器并將樣品的氣態組分推入氣相色譜柱，該色譜柱通向檢測器。