高效液相色譜儀作為一種高精密儀器，如果在使用過程中不按照正確操作的話，就容易導致一些問題。
　　1.氣泡
　　但時常HPLC導液管中會有氣泡存在，這會造成色譜圖上出現尖銳的噪聲峰，嚴重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進入流路或色譜柱時會使流動相的流速變慢或不穩定，使基線起伏。造成影響上述問題現象的主要分析原因有三條：一是企業流動相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了一個空氣而形成氣泡；二是管理系統設計開始進行工作時未能將流路中的空氣驅趕干凈；三是在注入樣品時不注意混入了中國空氣。
　　為了避免這類問題的出現，HPLC實際分析過程中必須重視對流動相進行脫氣處理；在HPLC系統開始工作前，可以用注射器連接恒流泵的排空閥，抽入流動相，將流路中的空氣驅趕干凈；在注入樣品前注意排出樣品注射器中的空氣。
　　2.柱溫
　　在操作HPLC時，色譜柱是在室溫環境下工作的。大多數工作環境的溫度是不斷變化的，溫差會引起更復雜的問題。溫度的影響在所有的色譜分析方式中都是存在的，本文就來討論液相色譜方法中的梯度洗脫方式受溫度影響的問題。
　　等度洗脫時溫度會影響保留時間，當溫度升高時所有的色譜峰都前移了，等度洗脫時一般溫度每升高１℃，保留時間會縮短（1~3）％。溫度變化對梯度洗脫和等度洗脫的影響趨勢相同。溫度環境變化對梯度進行洗脫的影響要小于一個對等度洗脫的影響。即使如此，如果梯度洗脫不控制溫度，保留值一般會有較大的變化。溫度變化也可能導致選擇性的顯著變化。
　　正如柱不平衡導致保留時間重現性差，柱溫不平衡導致不良后果，尤其是峰寬。當溫度的變化加上選擇性和保留時間的變化，峰寬也會發生變化。升高溫度通常會使學生理論塔板數升高，峰寬變窄，由于峰面積不變，峰越窄就會越來越高，因此不斷升高溫度變化可以通過達到一個更小的檢測限。
　　柱子里的溫度變化也會影響峰形。當柱與流動相之間的溫差增大時，由于溫度不平衡引起的峰值變形加劇。

　　為了得到一致的結果，我們必須控制塔溫，使用塔溫箱是一種較好的方法。如果沒有柱溫箱，比較有效的辦法是將色譜柱隔離在溫度波動小的地方。