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反相高效液相色譜
與 NP HPLC 相比，反相 HPLC 更常用。該技術可用于基于其疏水性分離、鑒定和/或定量可溶性有機組分混合物中的組分。
固定相是非極性的，如 C18 鍵合硅膠。流動相是極性的，通常是水和極性有機溶劑。疏水性最強的化合物在色譜圖中洗脫得較晚，而疏水性最低的化合物則較早洗脫。等度和梯度模式可用于優化目標分析物與可能干擾定量的基質成分的分離。
正相高效液相色譜
雖然這種類型的色譜不常用，但選擇正相 HPLC 有很多充分的理由。當化合物對反相 HPLC 來說太疏水或太親水時，這是很好的。如果進樣溶劑是非極性的，或者需要在非極性溶劑中回收，它也可用于異構體分離。
在正相色譜中，固定相是極性的，通常使用硅膠。流動相是非極性的，使用己烷或氯仿。極性較大的化合物在色譜圖中洗脫較晚，而極性較小的化合物較早洗脫。
